Andréae constate que les scènes et les images que contiennent les traités spagyriques permettent au mieux de représenter l'alternative fondamentale de la mort et de la résurrection, du corps ancien et du corps nouveau, de la douleur et de la joie. Les noces chimiques l'aident à comprendre les noces mystiques. La transmutation métallique l'intéresse moins que la possibilité de traduire, grâce à elle, le mystère de la foi, l'union de l'esprit et de la matière, la création du monde, l'histoire de l'Église. Il compose son roman : Les Noces Chymiques. L'alchimie s'y mêle intimement à la tradition mystique : elle s'y mue en hermétisme. Au Moyen-Âge, l'expérience scientifique n'a jamais été séparée de l'expérience spirituelle.
Le siècle de Descartes, de Leibniz et de Spinoza est à la recherche d'une philosophie nouvelle, d'une synthèse de la connaissance et de la foi, d'une révélation des cycles de l'histoire du monde, d'une union du microcosme et du macrocosme, d'une langue nouvelle et d'une philosophie de la langue. Il est d'autant plus remarquable que les traités rosicruciens, qui paraissent dans cette seconde décennie du XVIIe siècle, placent au centre de leur réflexion une alchimie gorgée de mystique.
