C'est la première fois que tout un courant, parmi les religieux, entre en lutte ouverte avec un pouvoir politique dans l'intention bien arrêtée de le chasser et de le remplacer à la tête de l'État. Cette tentative est, sur le plan strictement doctrinal, en contradiction avec les enseignements des imâms, tels qu'ils sont enregistrés dans les textes fondateurs.
En cela, le khomeynisme peut sans doute être considéré comme le dernier tournant dans l'évolution du courant rationaliste shî'ite. L'histoire, surtout moderne, du clergé rationaliste a été marquée par le fanatisme, la réduction de la foi à un juridisme rigide, la violence contre des adversaires réels ou présumés, l'instrumentalisation de la religion et la manipulation des masses populaires.
