"La cosmogonie du monde visible, dit Pythagore, nous a conduits à l'histoire de la Terre, et celle-ci au mystère de l'âme humaine." Il croit que l'âme est éternelle et préexiste au corps, que le corps est un tombeau, à la fois prison et protection de l'âme. Pythagore, en admettant l'hypothèse de la métempsychose, ne la sépare toutefois pas de la relation rationnelle qui doit exister entre le bien et le bonheur, le mal et le malheur. Nous sommes libres et responsables de notre choix, nous sommes heureux par la vertu et misérables par le vice, dans ces deux cas, c'est nous seuls qui faisons notre sort dans cette vie et dans l'autre.