La seconde partie de son enseignement commence par la cosmogonie. Pythagore a été le premier à appeler le ciel Cosmos (ordre) et à dire que la Terre est ronde, même si on attribue plus souvent la théorie de la sphéricité de la Terre à Parménide. Philolaos de Crotone a affirmé le premier la mobilité de la Terre, bien avant Copernic. Quant à la découverte de la rotation de la Terre sur elle-même, elle revient à un autre pythagoricien, Hicétas de Syracuse. Aristote dit positivement que les Pythagoriciens croyaient au mouvement de la Terre autour du Soleil. À ses disciples du troisième degré, Pythagore enseigne même le double mouvement de la Terre autour de son axe et autour du Soleil, sans avoir les mesures exactes de la science moderne. Mais ces notions, qui bouleverseraient la mythologie populaire et que la foule taxerait de sacrilèges, ne seront jamais confiées à l'écriture vulgaire. On ne les enseigne que sous le sceau du plus profond secret.
