Mais les malheurs des zoroastriens ne s'arrêtent pas là. Dans la mesure ou l'autel du feu joue un rôle central dans la religion mazdéenne, les zoroastriens sont systématiquement persécutés comme "adorateurs du feu" et leurs textes sacrés sont brûlés. On rapporte que la combustion de ces milliers d'écrits permit de chauffer les bains publics de toute la Perse pendant six mois... Au IXe siècle après J.-C., il ne restait plus, au final, que deux ou trois copies de l'Avesta qui incorporait les Gâthâs.
Pour autant, en Iran, même si le zoroastrisme disparaît presque totalement, la figure de Zarathoustra ne s'efface pas : l'homme et ses idées entrent en force dans la littérature persane, particulièrement dans la poésie dont les thèmes principaux, à la tonalité très nostalgique, sont le bonheur, la joie, l'amour, le vin, le chant du rossignol, la danse et la musique. Les philosophes perses se réclament aussi de Zarathoustra, en particulier le soufi et platonicien Sohrawardi dont la "philosophie orientale" réhabilite la sagesse zoroastrienne au XIIe siècle.
