La conquête de l'Empire achéménide par Alexandre-le-Grand ne réduit en rien le prestige et les mythes qui entourent Zarathoustra. Les savants continuent de se référer à lui avec encore plus de ferveur. Ils lui attribuent même l'origine de presque toutes les sciences, y compris l'alchimie et l'astrologie.
Au commencement du Moyen Âge chrétien, Zarathoustra sera, ainsi que les philosophes grecs, ardemment condamné par l'Église en tant que "dualiste", c'est-à-dire concevant l'existence comme un champ de bataille entre deux principes opposés et égaux, le Bien et le Mal. Or, on sait aujourd'hui, grâce à la découverte de la langue des Gâthâs, qu'il serait injuste de qualifier Zarathoustra de dualiste, lui qui fut sans doute, au contraire, le premier apôtre du monothéisme proclamant l'existence d'un seul dieu, celui du Bien : Ahura Mazdâ. J'y reviendrai.
Les Arabes qui envahissent la Perse, au VIIe siècle, portent un coup fatal au zoroastrisme déjà très altéré à cette époque. En effet, selon la loi coranique, seules les religions qui se réclament d'un Dieu unique, d'un Prophète et d'un Livre révélé, peuvent échapper au sort promis aux idolâtres. Les mazdéens parviennent toutefois à faire admettre aux musulmans qu'ils adorent en Ahura Mazdâ le dieu unique, qu'ils vénèrent en Zarathoustra un prophète et que l'Avesta est leur texte sacré. En 1979, ils seront reconnus dans la Constitution iranienne.
