L'alchimiste, à l'opposé du chimiste qui voudrait s'en tenir aux seules notions positives ou observables, l'alchimiste donc prend en compte le problème physique dans sa dimension métaphysique et religieuse : "En ce temps là, la science et la foi se saluaient, égaux convives au banquet du Savoir." Prenant conscience de l'unité du cosmos, de l'identité substantielle du microcosme et du macrocosme, il sait qu'il appartient à une fraternité universelle de la vie et il sait que les règnes réputés sinon inertes du moins inanimés, par exemple les minéraux et les métaux, sont eux aussi des manifestations de la vie dans sa globalité. C'est pourquoi d'ailleurs, fort de cette certitude, l'alchimiste n'hésite pas à projeter des images anthropomorphiques sur les mélanges qui s'opèrent dans son athanor. De même, le Franc-maçon est, au moins à l'égard de tous les êtres pensants de la planète, un universaliste : il présuppose l'existence d'une "chaîne d'union humaine" dont les maillons extrêmes touchent les autres espèces vivantes, car la chaîne du Vivant, régie par l'Amour ou l'Éros universel, prolonge et double en quelque sorte la chaîne de l'humanité.