La crypte de Tamerlan a été redécouverte en 1943, lorsqu'un enfant jouant au football tomba dans un trou, 35 mètres derrière le mausolée de Jehangir. La salle est constituée d'un sarcophage de marbre sur lequel les inscriptions révèlent l'utilisation prévue du tombeau pour Tamerlan. La pièce est simple, à l'exception de citations coraniques sur les arcs : "La suprématie appartient à Allah seul. Il est éternel et Tout bien est entre les mains d'Allah, Il est tout puissant."