La littérature alchimique ne cesse d'insister sur le double aspect, théorique et pratique de l'œuvre alchimique. C'est cette idée fondamentale qu'illustre la gravure sur cuivre coloriée du "lab-oratoire", mot-valise composé de deux éléments labora (travaille en latin) et ora (prie). Au premier plan de cette vertigineuse construction en perspective centrale, la nature morte aux instruments de musique évoque l'harmonie que l'alchimiste, par le labeur et l'oraison, doit s'efforcer d'atteindre s'il veut mener l'œuvre à bonne fin.
L'alchimie mystique ou spirituelle se donne pour objectif d'aider l'homme à réintégrer son état primordial avant la chute. Pour les Francs-maçons, le Temple du Vrai Bonheur du 28° Grade du R.É.A.A., Chevalier du Soleil, représente l'Éden.
Les alchimistes enseignent que les impuretés sont dues à la terre, le corps, et qu'il faut ôter dans les substances les parties terrestres combustibles car la Lumière est captive dans la Matière. D'ailleurs, selon le Timée de Platon, la matière est la source du mal. Sur le plan spirituel, il s'agit de supprimer les éléments instinctifs et impulsifs de la personnalité, toutes formes d'un soufre vulgaire et impur qui ont été produites en relation avec la nature corporelle.