La médersa se trouve derrière le minaret. Ils portent le nom de celui qui les fit construire en 1908. Islam Khodja était le grand vizir et le beau-père du dernier Khan, Isfandyar Khan, qui régna de 1910 à 1918. La médersa comprend quarante-deux cellules, une grande salle sous une coupole et un minaret fort élevé de 45 mètres de hauteur. La médersa abrite aujourd'hui le musée des arts appliqués de Khiva où sont exposés des tapis, tentures et boiseries.
