La citadelle sera reconstruite par les Cheïbanides, première dynastie ouzkèke à avoir pris le pouvoir à Boukhara au tout début du XVIe siècle. Au XVIIe siècle, la citadelle prend enfin sa configuration actuelle sous la domination de la nouvelle dynastie des Djanides et du khanat de Boukhara. Au début du XXe siècle, l'Ark abritait 3 000 personnes. Après la conquête de Boukhara par l'Armée Rouge en 1920, la citadelle a été gravement endommagée lors des bombardements par canons et avions pour obliger les assiégés à se rendre. La porte actuelle a été édifiée par Nadir Chah en 1742. Elle est surmontée d'une galerie flanquée de deux tours. Cette galerie était destinée aux musiciens de la cour qui rythmaient les journées de la forteresse de Boukhara. Les gardes se postaient également ici.