Le chœur est structuré par trois niches côte à côte. La coupole qui le surmonte est éclairée par quatre baies. L'autel est surélevé et le devant d'autel est brodé d'un khatchkar. Le katchkar s'interprète en cohérence avec la christologie de l'église apostolique arménienne : la croix ne symbolise pas la mort du Christ mais sa nature divine : c'est un arbre de vie. Selon les mots de Jean-Pierre Mahé : « La croix figure les arbres fabuleux du paradis, l'arbre de vie et l'arbre de science, à quoi voulut goûter Adam, mais aussi le trône très glorieux où le Christ, nouvel Adam, fut élevé et suspendu comme fruit de la connaissance du Père. Les racines de cet arbre ne sont pas figées dans la terre, elles remontent au contraire vers le ciel, elles se chargent de grappes de raisin et de grenades, fruit eucharistique et gage d'immortalité. »
