Face à l'entrée de la mosquée se trouve le dôme turquoise du mausolée de Bibi Khanoum dont le nom signifie "première épouse". Fille de l'empereur de Chine, elle était la femme préférée de Tamerlan et serait à l'origine de la construction du mausolée en 1397. Sa dépouille mortelle reposerait dans ce mausolée aux côtés de deux autres femmes.